חנוכתו המחודשת של בית הכנסת "תפארת ישראל" והפיכתו למוקד עלייה לרגל ולמרכז חי ושוקק של תורה, תפילה וחסידות, דרשו מערך ניהולי ותפעולי ברמה הגבוהה ביותר. ובכן, מתוך הבנה עמוקה של חשיבותו הלאומית, ההיסטורית והרוחנית של האתר, התקבלה בממשלה החלטה ייעודית המסדירה את מעמדו, ניהולו ואחזקתו השוטפת של המתחם המפואר לטובת כלל הציבור המבקר במקום.
על פי החלטת הממשלה בישיבתה ביום כ"ט בסיוון ה'תשפ"ה, ניהול האתר הופקד בידי גופים בעלי ניסיון רב בניהול אתרי מורשת מרכזיים בירושלים: "החברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים בע"מ", יחד עם "הקרן למורשת הכותל המערבי". שיתוף פעולה אסטרטגי – שמשכפל את מתכונת הניהול שנקבעה בזמנו לבית הכנסת "חורבת רבי יהודה החסיד" – נועד להבטיח, כי האתר יפעל בסטנדרטים מקצועיים ביותר, תוך שמירה קפדנית על קדושתו, אופיו החסידי-היסטורי ומרכזיותו בלב הרובע היהודי. המערך המשותף מטפל בכלל היבטי התפעול, החל מהבטחת נגישות מיטבית למבקרים ומתפללים, דרך תחזוקה הנדסית שוטפת של המבנה ואולמותיו השונים, ועד להפעלת מרכזי מידע והדרכה המספרים את סיפורו המרתק של המקום.
שילוב הזרועות בין הרשויות הממלכתיות לבין הנהלת האתר מבטיח, כי "תפארת ישראל" ימשיך להאיר את ירושלים כמרכז רוחני חי, תוסס ופעיל, ומהווה ערובה לכך שכבוד הבית הזה ישמר ויעצים מדור לדור.