סיפור פחות נודע בתולדות בית הכנסת, אירע דווקא לאחר שהמגרש נרכש בתרומתו של הרבי הקדוש רבי ישראל מרוז'ין, ורבי ניסן בק החל בהכנות לבניית בית הכנסת.
המגרש לא היה פנוי וריק; במרכזו עמד קברו של שייח מוסלמי קדום, שכונה על ידי ערביי ירושלים "אבו שוש". וכעת, כשרבי ניסן התכונן לבנות שם 'בית מקדש מעט' לחסידי ירושלים, היו צריכים, קודם כל, לפנות את עצמותיו של השייח מן המקום. וכך אכן עשו. בחצות ליל אפל ונטול-ירח עלו רבי ניסן בק וחבריו אל המגרש, חפרו את קברו של השייח והעבירו את עצמותיו למקום אחר, מחוץ לחומות ירושלים.
אך למרות החשאיות המופלגת, ועל אף זהירותם הרבה – "ויודע הדבר"… השמועה עשתה לה כנפיים בעיר, איש לאיש סיפר את דבר העברת עצמות השייח ממקומו, עד כי העיר כולה היתה כמרקחה. ויהי ביום השישי, בהתאסף המוסלמים אל המסגד אשר בהר הבית, התלהטו הרוחות יותר ויותר בקנאתם לכבודו של השייח, וההמון הערבי השתרך בתהלוכה אל בית ה'קאדי' – השופט המוסלמי הראשי, ודרישתם נחרצת: למנוע את הקמת בית הכנסת במקום, כעונש על הזלזול בכבוד השייח המוסלמי. הקאדי נאלץ להיענות לרצון ההמון הנסער, והפקודה יצאה: יש לעצור מיידית את עבודות הכשרת המגרש לקראת בניית בית הכנסת.
וחסידי ירושלים נבוכו – – –
אך רבי ניסן וחבריו, שלוחי הרבי הקדוש מרוז'ין, לא נחו ולא שקטו, ומיד כאשר נודעה הגזירה הם נקטו בכל הפעולות האפשריות לביטול הצו. רבי ניסן נועד עם הקאדי, ועם השייח הגדול אשר בירושלים – הלא הוא ה'אימאם'; הוא הפעיל את כל כח השפעתו עליהם, ובחסדי שמים עלתה המשימה בידו, ואלו נתנו לו הבטחתם כי יפעלו לביטול הצו.
שוב הגיע יום שישי. המוני מוסלמים מכונסים במסגדם, והנה עולה האימאם לשאת את דברו. הס מושך באולם, והאימאם מגביה קולו, ומספר בפאתוס:
אמש, נגלה אלי בחלומי השייח אבו שוש, אשר את עצמותיו חיללו היהודים ובגין כך נעצרו העבודות לבניית בית הכנסת שלהם. פניו של אבו שוש הביעו צער וכאב, והוא אמר לי בטרוניה: "מה זאת עוללתם לי? מדוע לא תתנו לי מנוחה בקברי?" והוא המשיך לשפוך את לבו באוזני: "מאז עצרתם את בניית בית הכנסת של ה'יאהוד', נקראתי בגן העדן אל אברהם אבינו, אהובו של אללה, והוא שאלני בכעס: למה מפריעים בני עמך לצאצאי היהודים לבנות את בית תפילתם בירושלים הקדושה? הבטחתי לאברהם אבינו שאבקש מבני עמי, שתחת אשר ביקשו לעכב את הקמת בית הכנסת – יתערבו כעת לסייע לבניינו." אבו שוש התחנן, אפוא, שנעשה כהבטחתו, לבל יסבול במקום מנוחתו…
כה דיבר האימאם בפני ההמון המוסלמים. ויהי ככלותו לדבר, פנו הכל שוב אל בית הקאדי, והפעם בבקשה הפוכה: לזרז את הכנת המגרש לקראת בניית בית הכנסת החסידי… האישור ניתן, כמובן;
וחסידי ירושלים צהלו ושמחו!
